Konflik sosial yang terjadi telah menghancurkan infra struktur pendidikan pada seluruh tatanan mulai dari taman kanak-kanak sampai pada perguruan tinggi. Hal mana sangat mengahambat pembangunan dan pembangunan sumberdaya manusia yang dibutuhkan bagi pembangunan daerah. Masalah ini memerlukan perhatian serius sebab terkait dengan upaya membangun peradaban manusia modern manusia Indonesia Maluku yang rasional, demokratis menjunjung tinggi nilai-nilai spiritual (agama), etika, sosial serta menghargai perbedaan latarbelakang SARA.

Pengembangan pendidikan haruslebih bertumpu pada kondisi riil wilayah dan masyarakat (muatan lokal), sehingga bermanfaat bagi pemenuhan kebutuhan akan sumberdaya manusia yang berkualitas dan berkompentensi. Perlu adanya sinkronisasi antara pembangun dan pesat dan terarah, terciptanya wilayah pertumbuhan dan penempatan pusat pendidikan dan latihan sesuai potensi wilayah.

Lulusan sebagai instrumen output pendidikan diharapkan dapat diserap oleh tuntutan pasar, dinamika masyarakat dan kebutuhan pemerintah baik dari sektor formal maupun non formal. Peraturan perundang-undangan yang buruk tentang kesejahteraan pendidikan (buruh) adalah salah satu tantangan vital. Penghargaan masyarakat terhadap buruh masih rendah.